Graphique UMAP

Comment utiliser : Clique sur les noms dans la légende pour cacher/montrer les types de cellules. Tu peux aussi sélectionner une zone pour zoomer et double cliquer pour dézoomer. Si tu doubles cliques sur une des couleurs dans la légende alors ça l’isolera.

Résumé de mes données

🔧 Instructions pour utiliser avec tes propres données

Pour utiliser ce dashboard avec ton fichier RDS :

  1. Place ton fichier RDS dans le même dossier que ce fichier .Rmd

  2. Modifie les paramètres au début du code :

    • nom_fichier_rds : remplace par le nom de ton fichier RDS
    • nom_colonne_type : remplace par le nom de la colonne qui contient tes types de cellules
    • mes_couleurs : optionnel, modifie les couleurs si tu veux

  3. Ton objet RDS doit contenir :

    • Un objet Seurat avec une réduction UMAP (RunUMAP() déjà fait)
    • Des métadonnées avec une colonne pour les types de cellules

  4. Dans RStudio, clique sur “Knit” ou utilise : rmarkdown::render("ton_fichier.Rmd")

Exemple de structure d’objet Seurat attendue :

# Ton objet doit avoir :
objet@reductions$umap@cell.embeddings  # Coordonnées UMAP
objet@meta.data$ton_type_de_cellule    # Types de cellules

C’est tout ! Tu auras un fichier HTML interactif ! 🎉