Comment utiliser : Clique sur les noms dans la légende pour cacher/montrer les types de cellules. Tu peux aussi sélectionner une zone pour zoomer et double cliquer pour dézoomer. Si tu doubles cliques sur une des couleurs dans la légende alors ça l’isolera.
Pour utiliser ce dashboard avec ton fichier RDS :
Place ton fichier RDS dans le même dossier que ce fichier .Rmd
Modifie les paramètres au début du code :
nom_fichier_rds : remplace par le nom de ton fichier
RDSnom_colonne_type : remplace par le nom de la colonne
qui contient tes types de cellulesmes_couleurs : optionnel, modifie les couleurs si tu
veuxTon objet RDS doit contenir :
RunUMAP() déjà
fait)Dans RStudio, clique sur “Knit” ou utilise :
rmarkdown::render("ton_fichier.Rmd")
Exemple de structure d’objet Seurat attendue :
# Ton objet doit avoir :
objet@reductions$umap@cell.embeddings # Coordonnées UMAP
objet@meta.data$ton_type_de_cellule # Types de cellules
C’est tout ! Tu auras un fichier HTML interactif ! 🎉